农贸市场作为一种传统的商业业态，存在很多制约其健康稳定发展的因素，有硬件的因素，也有软件的因素。这些因素无论在大城市发展成熟的市场还是在中小城镇发展滞后的市场都具有很多共性，主要制约因素如下：
1、市场基础设施陈旧：很多农贸市场建设年限已久，建筑物显得十分陈旧，场内摊档位破旧，有的甚至是临时搭建的台位；市场的水电设施和排污设施已经不能满足现代市场经营的需要，它已经成为影响市场形象的关键因素。
2、市场业种配置和布局不合理：这因素属于制约市场发展的硬件因素。很多市场自从建立以来，其业种配置和布局就很少根据市场消费环境变化而进行科学有效的调整，有的市场更是因此显得经营惨淡。
3、市场收益率低：农贸市场带有很大部分公益性质，为实现政府所要求的“菜篮子”工程建设，市场建设的资金投入往往是投入大、收入小，致使市场日渐破败，甚至改造升级后其经济效益不升反降。农贸市场盈利模式单一，其经营收入以租金收入为主，由于市场租金提升有限，市场经营规模难以扩大，成为其运行利润低下的主要原因。
4、市场竞争加剧，新型商业业态分走客源：随着城市的大型超市、购物广场、连锁专卖店、生鲜超市、便利店的增加，以及部分农贸市场实行 “农改超”，它们以其优越的地理位置，优质的服务，整洁的环境，齐全的商品吸引着大批经营户和消费群体，这对传统农贸市场，特别是购物环境较差的市场造成很大的冲击。
5、人才制约农贸市场行业的发展：有一流的人才才有一流的经营管理。一直以来，人们认为农贸市场行业是一个“夕阳”行业，对农贸市场的认识是很低层次的行业、环境脏乱差、发展前景有限，导致农贸市场长期以来吸引不了专业的人才。没有了一流的人才，一方面使市场的经营缺乏战略性规划，另一方面使市场管理人员难以正确理解落实公司的发展措施，执行力不够。
随着消费习惯和生活方式的转变，在经济发达的地区或城市传统农贸市场将逐步退出市场舞台。目前，深圳、广州、上海等地区在城市商业发展规划中已不再规划新的农贸市场，而以其他新型业态取而代之，对已有的农贸市场都要求进行升级改造，比如：新型街市、社区服务中心和农改超等等。
在短暂的时间内，农贸市场在城市里仍将发挥其独特的作用，而在城镇、市郊等区域发挥主导作用。从长远看，农贸市场升级、转型、甚至退出历史舞台是不可避免的，过去七、八年国内经济发达的城市和地区已经在新型农贸市场的构建做了很多有益的探索和尝试，而这些有益的经验很值得其他市场借鉴。
纵观国内农贸市场的历史演变，总结先进地区品牌市场、创新型市场的做法，农贸市场未来的发展主要表现为：多元化主权主体、复合化混业经营、专业化特色彰显、连锁化品牌扩张、综合化市场服务、电子化交易方式、地区化兼并重组等。
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